・まずは「初心者になるためのMIDI耳コピ講座」からの転載です。 http://mimikopi.nomaki.jp/domino/rpgxp/#C04-01 これによると、”ツクールXPでは、MIDIファイルに「コントロールチェンジ（CC）131番：マスターボリューム」が含まれている場合、正常に音が鳴らない”とあります。

また経験上、VX及びVXAceでも同じ条件で、音が鳴らない”ことがあります”。 しかし、実は含まれていても音が鳴る場合もあり、条件が判然としていません。

（なお、MIDI作成用ソフトDominoではデフォルトでマスターボリュームが含まれるため、注意が必要です）

（ちなみに、ツクール2000＆2003では「GMシステムオン」が含まれていると悪さをするようですが、https://tkool.jp/support/faq/otodx/faq#midiXP～VXAceでは関係がないようです）  

・また、一度ツクール上で音が鳴らなかったことがあるMIDIファイル（例えば「AAA.mid」）がある場合、新たに作成したMIDIを同名（AAA.mid）で上書き保存すると、ファイルの中身が何であろうと、その名前のMIDIファイルは以降一切音が鳴らなくなるようです（これは何通りか試してみて確認済みです）。

従って、正常に再生されなかったMIDIファイルを差し替える場合、名前を変更した方が無難と思われます。